而當時，隨著濟南社會經濟發展，對于軌道交通的需求也越來越迫切。僅以2001年為例，當時全市GDP已達到1066.2億元，市區人口達220萬人、城區人口密度達到1896人/平方公里。濟南機動車保有量也達到41萬輛，并呈快速增加趨勢。
按照“濟南五年大變樣”和加快城市化進程要求，1998年又重新啟動濟南市軌道交通工程。
1999年12月，省會規劃委員會專家組專門針對濟南市建設軌道交通必要性進行了專家論證。2000年，中共山東省委在魯發【2000】17號文“關于加快城市化進程的意見”中明確要求：“濟南盡快建設大容量的軌道交通設施”。中共濟南市委濟發【2000】1號文件“中共濟南市委2000年工作要點中”要求做好市區高速軌道交通的前期準備，同年濟南市人大會議上也要求盡快建設軌道交通。
2000年2月，省會規劃委員會三屆二次會議審議2000年城市建設項目時提出：隨著城市人口、用地規模和社會經濟的增長，規劃建設軌道交通是必要的。
當年3月，按照省委和市委要求，濟南市公用事業管理局成立了濟南市軌道交通籌建處，著手軌道交通建設前期工作。
軌道交通籌建處委托北京市城建設計研究院編制了《濟南市城市快速軌道交通線網規劃》第一階段研究報告。2000年10月21日—23日，建設部、中國國際工程咨詢公司邀請全國知名專家評審了該報告，最終確定A方案為線網構架基本方案，這套方案由4條線組成，分別為東西線、南北線、旅游線和支線，線網規模按93至108公里控制。
2001年，濟南委托北京城市規劃設計院編制了《濟南市城市軌道交通一號線可行性研究客流預測報告》，并于2001年9月經過了國內專家評審。2001年委托北京市城建設計研究院編制了《濟南市軌道交通1號線一期工程預可行性研究報告》和《濟南市軌道交通1號線一期工程項目建議書》，并經省建設廳批復由市計委轉報省計委。這次確定1號線由大金莊到甸柳莊，其中市區擬建3.55公里長的地下段，即城市中心區為地下線，其余為高架。
這計劃修建在市中心區的3.55公里地下段，也就是被外界稱為濟南要修建“地鐵”的一部分。
工程因泉被擱置，進行“充分論證和規劃”
事實上，當時濟南的保泉之路也在曲折進行中。
截至2001年8月14日，趵突泉已停噴890天，引起全市關注。2001年8月15日，《濟南時報》頭條登出：《書記言辭懇切——— 名泉復涌，誰有高招？》3天后，一封熱情洋溢的回信和2萬字簡明報告寄到市委書記辦公室。寫這封信的人正是已沉默多年的保泉專家商廣宇。
針對地下段如何建設，軌道交通籌建處收集了城區自來水公司井地質資料、泉城路附近部分高層建筑的地質勘探資料。2001年，在泉城路改造時，濟南委托山東地礦工程勘察院(801隊)在東西長1.5公里的區域又進行了補充勘察，對地下段與泉水關系進行初步研究。
2002年9月，省市政府邀請六位院士來到濟南，針對軌道交通(地鐵)建設與地下水保護問題進行咨詢。院士們聽取了情況介紹，實地考察了規劃的輕軌1號線運行線路，在省市負責人出席的咨詢會上發表了意見。
山東省水文局研究員商廣宇也參加了那場較高規格的論證會，他手中至今還保留著一份六院士發言的整理材料。
盧耀如院士認為“再讓名泉長期斷流，將成為千古罪人”，不贊成把地鐵修到泉底下，因為泉水通道一旦破壞，是無法恢復的。張宗祜院士認為，利用地下空間是發展方向，但地質條件好壞是利用關鍵，地層巖性及空間分布、地下水動態，要提前搞清楚，建地鐵要避開泉水集中出露地段。
“前期工作做好，地鐵、保泉兼顧。”施仲衡院士認為，對泉水影響還要深入研究，如果處理得當，影響不大。劉建航院士建議，濟南修地鐵不能操之過急，在水文地質工程地質方面先有個正確認識，準備工作還要深入，要保泉，對水文地質要有充分了解，“用高架方式過古城區不一定合適”。
王夢恕院士建議“修地鐵要盡量不破壞泉水集中出露區”，認為濟南“僅畫了3條選線，不具備討論條件”。周干峙院士認為“修地鐵應早籌備，但不可急于求成”，泉要保，再進一步做工程地質方面研究。
在這個高規格的論證會上，專家們也很謹慎，并沒有得出決定性結論，還有人建議“不可急于求成”。“泉水畢竟是濟南的靈魂，誰也不敢輕易做出決定。”商廣宇說。
之后，在保泉等各種因素考慮下，濟南軌道交通工程又被擱置下來進行“充分論證和規劃”。在2002年底至2003年初之間，軌道交通籌建處工作人員被通知“暫緩進行”，機構撤銷。2003年7月，一直主導承擔軌道交通建設的濟南市公用事業管理局摘牌，和市城市管理局、市熱電總公司一起合并組建了濟南市市政公用事業局。
經歷著與泉水邂逅的波折，濟南軌道交通建設沉穩起航。2013年3月，濟南軌道交通“一橫兩縱”近期建設規劃被上報審批。目前，該規劃仍在等待國務院審批，項目安全預評價、水土保持方案、防洪方案、電磁輻射環境影響評價也同步進行，濟南軌道交通有條不紊進入實質操作階段，有望年內實現軌道交通試驗段開工建設。
開往泉城的軌道交通帶著希望、期盼快速前行。
【出現轉機】
2004年：泉水復涌后政府規劃頻現軌道交通
對于很多濟南人來說，2003年是難忘的一年。這一年，發生了件讓泉城人振奮的事兒———泉水復涌了。
2003年9月6日，停噴時間最長一次達926天的“天下第一泉”趵突泉歡流暢涌；9月16日，在濟南72名泉中名列第二的章丘百脈泉，噴珠濺玉。至此，濟南市區趵突泉泉群、五龍潭泉群、珍珠泉群、黑虎泉群和市郊的百脈泉群、玉河泉群、靈巖泉群、平陰泉群、涌泉泉群等9大泉群全部噴涌。
在這種背景下，兩次中途“擱淺”的濟南市軌道交通工程也開始有了“松動”跡象。
2004年12月，《濟南市城市總體規劃(2005年—2020年)綱要》編制完成。其中確定了統籌發展區域交通基礎設施和優先發展大容量公共交通系統的思路，提出“以BRT結合軌道交通發展快速公共交通的戰略，符合濟南市東西帶狀城市布局特點和當前及未來的發展需求”。
而當年全省建設工作會議上也傳來消息：濟南醞釀已久的軌道交通規劃建設將在年內啟動。
在之后幾年中，軌道交通沒有正式揭開神秘面紗，但在政府不同規劃中，多次出現身影。
【觸及實質】
2009年：與設計院簽技術咨詢合同
2007年，在向社會公示的濟南西客站片區控制性詳細規劃方案規劃要點中，列出了1號和6號兩條輕軌交通線路。當年10月，市規劃局表示將盡快啟動軌道交通線網的專項規劃編制。
2008年，又一消息傳來，濟南軌道交通規劃最快有望在年內啟動，根據前期擬訂的方案，濟南市將出現6條輕軌。
在山東省將構建以濟南為核心的省會城市經濟圈背景下，2009年，濟南軌道交通規劃開始進入實質性階段。年初，濟南市政府確定成立濟南市城市軌道交通規劃建設工作領導小組。市長和幾位副市長分任組長、副組長。
同年6月20日，濟南市與北京城建設計研究總院簽訂軌道交通規劃技術咨詢合同，標志著濟南市軌道交通建設工作正式啟動。簽約儀式上，市政府主要領導為軌道交通建設提出3點建議：保泉、考慮城際列車建設、做好與西客站地鐵線銜接。
2011年市兩會上，在與人大代表面對面答復中，濟南市規劃局相關人士表示，目前濟南市正在開展軌道交通相關編制工作，“軌道交通線網規劃已基本完成，根據規劃，濟南市規劃建設7條軌道交通線路，其中，經十路軌道交通規劃采用淺埋式地鐵的方式”。
【正式啟動】
2013年：軌道交通R線建設啟動
2012年2月，《濟南市軌道交通線網規劃》已通過專家評審論證，根據初步計劃，濟南將實行地鐵和輕軌相結合的模式，客流量大的區域建地鐵。
其實，為摸清修建軌道交通地鐵對泉水影響，早在2009年，濟南市就啟動了“軌道交通對泉水影響研究招標”。2010年3月，山東省地礦工程勘察院完成了《濟南市軌道交通建設對泉水影響研究報告》。山東省地礦局總工程師徐軍祥是報告主要負責人，他介紹，研究人員將濟南核心區主要交通干線的軌道交通適宜性劃分成適宜、較適宜及不適宜路段，如濼源大街一線不適宜地鐵建設。總體來說，經過實地勘察，不少專家認為，只要地鐵線避開含水層，不會破壞泉脈。
2013年1月8日下午，省政府聽取濟南市城市軌道交通前期工作情況匯報。與會領導認為，濟南建設軌道交通系統是解決城市交通問題的必然選擇。同時，濟南建城市軌道交通要慎之又慎、安全第一，確保泉水保護萬無一失。這也標志著濟南軌道交通規劃正式啟動。
同年12月29日，對濟南軌道交通建設進程有著里程碑式的意義。“濟南市軌道交通R線建設啟動！”在濟南市軌道交通R線建設啟動儀式上，市委書記王敏這句話，拉開了濟南軌道交通時代大幕，濟南將建R1、R2、R3這3條軌道交通線路，濟南市民距離軌道交通又近了一步。
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